- FASTQC requiere un entorno de desarrollo de Java o Java Runtime Environment (JRE)
#Repositorio original
#<https://github.com/Morgan-Feuz/fastqc>
# Ubuntu/Mint: Check Java Version
$ java -version
# Install JRE if necessary
$ sudo apt install default-jre
- Descarga la versión más reciente de FASTQC y descomprime el archivo, este es un programa portable, por lo que puedes guardar el archivo en la carpeta más conveniente para tu proyecto.
Por ejemplo, puedes tener una carpeta en tu directorio personal que se llame programas y ahí crear la carpeta FASTQC y dentro de esta descomprimir el archivo
fastqc_v0.12.1.zip
unzip fastqc_v0.12.1.zip
- Una vez descomprimido el archivo encontrarás un script llamado
fastqc, este es el programa, pero necesitas cambiarle los permisos para que este sea ejecutable
# Make the file executable (make sure to specify the right file location)
$ sudo chmod 755 path/to/file/fastqc
- Ahora haremos que el programa pueda correr desde cualquier directorio del sistema
# Make fastqc executable from any location
## Create a symbolic link to the bin
$ sudo ln -s /path/to/file/fastqc /usr/local/bin/fastqc
# check the link
$ fastqc -v
- Añadir el programa al PATH
echo 'export PATH="$HOME/Documentos/programas/FastQC:$PATH"' >> ~/.bashrc
- Lanza la aplicación gráfica e interactiva de FASTQC, de esta manera abriremos el programa y podemos utilizarlo.
fastqc
- Otra forma de correr FASTQC es directamente en la terminal de comandos ya sea para un sólo archivo
fastq o para todos los archivos fastq de un directorio.
# Run Fastqc on a single file
$ fastqc /path/to/file/fastq_R1_001.fastq.gz
# Run fastqc on multiple files
$ fastqc /path/to/file/*.fastq.gz* --outdir=/path/to/file